Miss Peregrine et les enfants particuliers peuvent désormais vivre hors des boucles temporelles sans risquer de vieillir en accéléré ! Jacob, le seul qui connaît le monde actuel, est chargé de donner des cours de normalité à ses amis pour éviter qu'ils ne se fassent remarquer. Mais alors qu'ils se rendent dans un centre commercial pour trouver des tenues adéquates, les enfants visitent la maison d'Abe, le grand-père de Jacob. Ils y découvrent un bunker empli de secrets... Persuadé que son grand-père lui a laissé des indices pour sauver des enfants particuliers isolés, Jacob entraîne ses amis dans une aventure hasardeuse. Pendant que Miss Peregrine tente de reconstruire le monde des Particuliers, les enfants se lancent, en secret, dans une autre opération de sauvetage. Noor, une jeune fille aux dons étranges et dangereux est traquée par des individus sinistres. Jacob enfreint toutes les règles des Particuliers pour la sauver. Délaissé par ses amis qui lui en veulent de désobéir, et accablé par d'étranges révélations sur son grand-père, Jacob refuse toutefois d'abandonner Noor. Il doit l'aider, coûte que coûte...