Le Maître et Marguerite est un roman fantastique et satirique publié par sa femme vingt-six ans après sa mort, en 1966, qui lui a conféré l'immortalité critique. Le livre a été disponible dans la clandestinité, sous forme de samizdat ("sam "+"izdat" - "auto-publié", Vladimir Boukovski le définissant comme "je le crée moi-même, je l'édite, je le censure, je le publie, je le distribue, et [je peux] être emprisonné pour cela"), pendant de nombreuses années en Union soviétique, avant la publication en série d'une version censurée dans la revue Moskva. Un manuscrit détruit du Maître est un élément important de l'intrigue, et Boulgakov a d'ailleurs dû réécrire le roman de mémoire après avoir brûlé de ses propres mains le brouillon du manuscrit.
Le roman est une critique à plusieurs niveaux de la société soviétique en général et de son establishment littéraire en particulier. Il commence par une visite de Satan à Moscou dans les années 1920 ou 1930, où il se joint à la conversation d'un critique et d'un poète, occupés à débattre de l'existence de Jésus-Christ et du Diable.
Il se transforme ensuite en un réquisitoire général contre la corruption, la cupidité, l'étroitesse d'esprit et la paranoïa généralisée de la Russie soviétique. Interdit mais très lu, ce roman a fermement établi la place de Boulgakov dans le panthéon des grands écrivains russes.